На путь конфронтации встают иногда даже федеральные органы, один из которых подчинен другому. Созданный в 2007 г. Следственный комитет при прокуратуре РФ в 2008 г. обратился в суд с жалобой на Генеральную прокуратуру, которая иногда не утверждает его обвинительные заключения. Суд принял это дело, но в данном случае не стал рассматривать конкретные претензии, разъяснив, что есть административная и должностная подчиненность. Прокуратура — централизованная система, следователи Следственного комитета относятся к прокурорским работникам и подчиняются Генеральной прокуратуре. С понятием юридического лица нельзя обращаться вольно.
Отмеченные явления — наделение органов государства, субъектов федерации, муниципальных образований статусом юридического лица — не случайны. Они отражают не чью-то прихоть и не злую волю руководителей органов публичного управления, издающих соответствующие правовые акты. Это вызов времени, объективная необходимость. Органы государства, государственные учреждения нуждаются в организационноправовой форме юридического лица не только для того, чтобы участвовать в некоторых хозяйственных отношениях, как полагают некоторые цивилисты. Статус юридического лица им нужен для участия в публичных правоотношениях с другими, не подчиненными им органами и учреждениями публичного права.

Вместе с тем ясно, что органы государства, других публично-правовых образований являются по своей сущности иными юридическими лицами, чем те, с которыми привыкли иметь дело цивилисты. Властвующие органы и учреждения имеют другую природу, чем юридические лица частного права, их главная деятельность связана не с гражданским оборотом, где участвуют юридически равноправные стороны, а с управленческими отношениями, с осуществлением публичной власти. Даже если органы и учреждения публичного права покупают на бюджетные средства папки для канцелярии, это несколько иные отношения, чем такие же приобретения, производимые юридическими лицами частного права.
Вне сферы распространения понятия юридического лица на субъекты публично-правового характера остаются в настоящее время в российском праве лишь публично-правовые образования.
Как говорилось, термин «публично-правовое образование» иногда употребляется в документах. Выше мы упоминали о постановлении Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 22 июня 2006 г. № 23 и приказе Министерства юстиции РФ. Из их текстов можно понять, что речь идет о государстве, субъектах РФ и муниципальных образованиях, о бюджетных организациях. Но юридическими лицами публичного права и даже просто юридическими лицами они в этих актах не названы. В гл. 5 ГК РФ названы государство, субъект РФ, муниципальные образования, но только как участники гражданскоправовых отношений. Они не названы юридическими лицами. В ст. 124 ГК РФ о Российской Федерации, субъектах РФ, муниципальных образованиях сказано, что они выступают в отношениях, регулируемых гражданским законодательством, на равных началах с иными участниками этих отношений — гражданами и юридическими лицами.