Другое важное отличительное свойство всех живых организмов, которое выделяет физик Говард Патти, заключается в Иерархической организации и контроле живых организмов. Когда меньшие единицы объединяются в более крупные, они порождают новые правила, которые, в свою очередь, ограничивают и регулируют входящие в их состав подсистемы таким образом, чтобы они соответствовали коллективному поведению системы в целом. Присущее высшим уровням в организационной иерархии свойство ограничивать более низкие уровни той же системы наблюдается не только в биологии. Патти отмечает, что компьютер подчиняется всем законам механики и электричества, однако ни один физик не посчитает это утверждение удовлетворительным ответом на вопрос: в чем тайна вычислительной машины? Патти пишет:
Если и есть какая-то проблема с организацией компьютера, то она состоит в неправдоподобных ограничениях, так сказать, правящих этими законами и выполняющих высокоспецифичные контролирующие функции. Воздействие высших уровней на более низкие было названо «нисходящей каузальностью» физиком Дональдом Кемпбеллом, которого интересуют грузоперевозки в екатеринбург. Он отмечает: «все процессы на низших уровнях иерархии ограничены законами более высоких уровней и действуют в соответствии с ними». В других областях науки есть много примеров нисходящей каузальности. Карл Поппер отмечает, что многие современные оптические приборы — лазеры, дифракционные решетки, голограммы — это сложные макроскопические структуры, приводящие движение отдельных фотонов в соответствие с единым типом деятельности. В технике простые системы с обратной связью участвуют в нисходящей каузальности, например когда регулятор пара управляет потоком молекул воды. Даже использование таких инструментов, как клинья, можно рассматривать в терминах макроскопической структуры как некоего целого, которое направляет движение своих атомных частей, чтобы совместно достичь определенного результата.